MTs dan MA Terpadu Al-Mubarok adalah salah satu Tingkat Pendidikan Formal di Pondok
Pesantren Darul Qur'an Al-Mubarok, yaitu diperuntukan untuk siswa/siswi tamatan
SD/MI/Sederajat untuk masuk MTs dan tamatan SMP/MTs Sederajat untuk makus MA.
Keunggulan Pendidikan MTs dan MA Terpadu Al-Mubarok disamping menerapkan Kurikulum Kemendikbud dan Kementerian Agama sebagaimana pada SMP/MTs/SMA/MA Pada umumnya, akan ditambah dengan Kurikulum Pondok yaitu Perpaduan Kurikulum KMI Gontor dan Program Tahfizhul Qur'an.
Disamping itu MTs dan MA Terpadu Al-Mubarok menerapkan sistem pendidikan Full Day School dan berkesinambungan (mondok) yaitu santri dan santri wati diwajibkan mengikuti seluruh kegiatan pendidikan, pembinaaan dan pengasuhan selama 24 jam seperti: sholat 5 waktu secara berjama'ah, sholat dhuha dan tahajjud, zikir pagi sore (alma'tsurat), tilawah dan tahfizhul Qur'an, pelatihan Bahasa Arab dan Bahasa Inggris, kajian kitab kuning, pelatihan dakwah (muhadhoroh), pramuka dan olahraga, puasa sunnah program pengabdian masyarakat, dll. Sehingga diharapan lulusan MTs dan MA Terpadu Al-Mubarok disamping mendapatkan ijazah Negeri dan ijazah Pondok, adalah memiliki keseimbangan antara kecerdasan Intelektual Spritual dan Emosional.